《土地管理法实施条例》第二十六条第一款规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。根据该条规定，对集体土地进行征收的，土地补偿费一般归农村集体经济组织所有，其他的地上附着物及青苗补偿费则归集体土地的承包人所有。因此，长期以来，各地对集体土地的征收习惯都是土地补偿归村集体经济组织所有。

但是，这对乡镇企业来说就略显不公平了。因为乡镇企业取得了相应审批，获准在集体土地上进行建厂经营，也取得了房屋所有权证，那么在承租协议还未到期之前，乡镇企业遇到了拆迁，如果土地补偿款全部给村集体经济组织所有，那乡镇企业还未到期的使用权益又该由谁来保证呢？难道该部分的损失，企业主们不应该获得合理的补偿吗？

答案当然是肯定的。按照征地相关法律法规的合理补偿原则，获得许可、合法建设的乡镇企业因为拆迁而受到的损失，理应获得合理补偿。《土地管理法》第十一条规定，农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。也就是说，如果乡镇企业的厂房用地是经过县级人民政府登记造型并且核发了相关证书的，则企业所有人就享有该块集体土地的建设用地使用权。而根据《物权法》第一百三十五条规定，建设用地使用权人依法对国家所有的土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建造建筑物、构筑物及其附属设施。

由此可知，乡镇企业主有权对该获批额集体土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建筑建筑物、构筑物及其附属设施。按照原有《土地管理法》的规定，将集体土地用于非农业建设用地，需要先办理将集体土地转为国有土地的转用手续，将集体土地变成国有土地，那么在征收过程对乡镇企业的征收理论上是可以按照国有土地上房屋的征收标准来的，也就是说土地补偿费用是归其企业所有人的。

不过，实践中对乡镇企业的征收基本仍是按照集体土地的征收流程和补偿进行，但是就土地补偿费方面，小编认为将土地补偿费完全归农村集体组织所有是不科学的，也是不合法的。按照相关法律规定，集体土地使用权的补偿由使用权人享有，且其数值等于国有出让土地使用权价值扣除土地使用权出让金以及其他审批、办证等费用，

因此，小编提醒大家，征地补偿并不是一定归农村集体经济组织所有，乡镇企业家们一定要谨慎审查自己享有的权利，防止错失土地补偿这项重大权益！